La commune de Ferté-Saint-Cyr est située en région Centre et se trouve au centre-est du département de Loir-et-Cher, dans la petite région agricole de la Grande Sologne.
À vol d’oiseau, elle se situe à 26,9 km de Blois, préfecture du département, à 12,4 km de Chambord, (chef-lieu du canton dont dépend la commune depuis 2015) et à 40 km d’Orléans.
La commune fait en outre partie du bassin de vie de Beaugency.